MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM2

Total Repeats: 476

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009479	GCCCC	2	10	1568	1577	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
2	NC_009479	CAC	2	6	1584	1589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_009479	GCC	2	6	1591	1596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_009479	CG	3	6	1665	1670	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009479	GCC	2	6	2025	2030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009479	CCG	2	6	2035	2040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_009479	GCC	2	6	2044	2049	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_009479	GTC	2	6	2050	2055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009479	GGT	2	6	2100	2105	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009479	GGC	2	6	2115	2120	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009479	GC	4	8	2119	2126	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_009479	CGGC	2	8	2232	2239	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_009479	GCC	2	6	2258	2263	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_009479	CTC	2	6	2266	2271	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_009479	CT	3	6	2319	2324	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_009479	GAG	3	9	2400	2408	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009479	CCGG	2	8	3339	3346	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009479	GCCG	2	8	3356	3363	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_009479	CGA	2	6	3422	3427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009479	CGG	2	6	3447	3452	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009479	CGA	2	6	3457	3462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009479	GCA	2	6	3478	3483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009479	CCGT	2	8	3500	3507	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009479	C	6	6	3565	3570	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
25	NC_009479	GC	3	6	3621	3626	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_009479	ACA	2	6	3627	3632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009479	TGT	2	6	3787	3792	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009479	TA	3	6	3800	3805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009479	ACG	2	6	3827	3832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009479	TCT	2	6	3972	3977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009479	ATC	2	6	4056	4061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009479	GCC	2	6	4071	4076	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_009479	GGA	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009479	TAC	2	6	4098	4103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009479	CGC	2	6	4106	4111	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_009479	CGA	2	6	4118	4123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009479	GAG	2	6	4158	4163	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009479	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009479	CGA	2	6	4214	4219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009479	ACG	2	6	4281	4286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009479	CGG	2	6	4288	4293	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009479	CACCG	2	10	4319	4328	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_009479	CAC	2	6	4334	4339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_009479	GTC	2	6	6068	6073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009479	CTA	2	6	6076	6081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009479	GCCG	2	8	7060	7067	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009479	CGT	2	6	7074	7079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009479	CGT	2	6	7109	7114	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009479	CG	3	6	7133	7138	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_009479	CGA	3	9	7146	7154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009479	CGG	2	6	7184	7189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009479	CG	3	6	7198	7203	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_009479	GGC	2	6	7248	7253	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009479	GGC	2	6	7258	7263	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009479	CGT	2	6	8222	8227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009479	CGC	2	6	8230	8235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_009479	TCG	2	6	13830	13835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009479	G	6	6	14300	14305	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009479	CGT	2	6	14314	14319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009479	GGC	2	6	14331	14336	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_009479	TCG	2	6	14340	14345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009479	GGT	2	6	16048	16053	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009479	GTC	2	6	16064	16069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009479	TCG	2	6	16071	16076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009479	GCC	3	9	16081	16089	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_009479	CGA	2	6	16180	16185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009479	TCG	2	6	16191	16196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_009479	CCT	2	6	16211	16216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_009479	CG	3	6	16262	16267	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_009479	CAC	2	6	16286	16291	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_009479	CGA	2	6	16309	16314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009479	CCA	2	6	16339	16344	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_009479	GAG	2	6	16378	16383	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009479	CTG	2	6	16434	16439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009479	GAC	2	6	16462	16467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_009479	CAG	2	6	16489	16494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009479	CAC	2	6	16510	16515	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_009479	GAG	2	6	16519	16524	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009479	CCG	2	6	16561	16566	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_009479	GTC	2	6	16599	16604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009479	TTCG	2	8	16625	16632	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_009479	GGT	2	6	16636	16641	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009479	CTCGTG	2	12	25568	25579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009479	CCGGG	2	10	25582	25591	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_009479	ACA	2	6	25651	25656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009479	GTG	2	6	27755	27760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009479	ATGA	2	8	27785	27792	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009479	ACC	2	6	27809	27814	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_009479	TTC	2	6	27817	27822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009479	CAT	2	6	27837	27842	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009479	GAA	2	6	27873	27878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009479	TGGC	2	8	27898	27905	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_009479	GTCG	2	8	27919	27926	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009479	GC	3	6	27942	27947	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009479	GAT	2	6	27952	27957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009479	TGG	2	6	28062	28067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009479	GCG	4	12	28231	28242	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_009479	ACA	2	6	29009	29014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009479	CCA	2	6	29037	29042	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_009479	CAGT	2	8	29057	29064	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_009479	GGC	2	6	29082	29087	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009479	GACCCA	2	12	29115	29126	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_009479	CGA	2	6	29131	29136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009479	GCG	2	6	29188	29193	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009479	CG	3	6	29240	29245	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_009479	AC	3	6	29293	29298	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_009479	GCCAG	2	10	29629	29638	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009479	CCA	2	6	29660	29665	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_009479	CAGG	2	8	31655	31662	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_009479	ACG	2	6	31667	31672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_009479	GTT	2	6	31677	31682	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009479	CAA	2	6	31688	31693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009479	CCCCT	2	10	31718	31727	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
114	NC_009479	AC	3	6	31761	31766	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_009479	CTG	2	6	31813	31818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_009479	CATG	4	16	31820	31835	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_009479	CAG	2	6	31837	31842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009479	CCG	2	6	32732	32737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_009479	GGC	2	6	32750	32755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_009479	CGA	2	6	32769	32774	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009479	CGA	2	6	32837	32842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009479	GGC	3	9	32989	32997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_009479	CGT	2	6	33009	33014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009479	CT	3	6	33074	33079	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_009479	TC	5	10	33144	33153	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_009479	CCGG	2	8	33156	33163	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_009479	GAC	2	6	33193	33198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_009479	GCG	2	6	33231	33236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009479	CCG	2	6	33249	33254	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_009479	CGA	2	6	33261	33266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_009479	GGC	2	6	33271	33276	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_009479	AGC	2	6	33282	33287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009479	GGT	2	6	33684	33689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009479	TCG	2	6	33695	33700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_009479	AAC	2	6	33771	33776	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009479	CG	3	6	33787	33792	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_009479	GCC	3	9	33876	33884	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_009479	AAAG	2	8	33889	33896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009479	GA	3	6	33920	33925	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009479	GGC	3	9	33927	33935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_009479	GGC	2	6	33951	33956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_009479	A	6	6	33963	33968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009479	CTT	2	6	37420	37425	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_009479	GTG	2	6	37457	37462	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009479	C	6	6	37496	37501	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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429	NC_009479	GCG	2	6	62863	62868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
430	NC_009479	GCG	2	6	62904	62909	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
431	NC_009479	CCGC	2	8	62925	62932	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
432	NC_009479	CGA	2	6	62933	62938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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434	NC_009479	CGT	2	6	63053	63058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
435	NC_009479	TCC	2	6	63148	63153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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442	NC_009479	CG	3	6	64563	64568	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
443	NC_009479	ACA	2	6	64663	64668	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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445	NC_009479	GAA	2	6	64856	64861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_009479	CGGC	2	8	66354	66361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.